所谓的自然科学、社会科学、人文科学是西方的思想，是西方社会对学科的分类方法。今天我们用这样的提法来对藏族寺院学院进行描述，是因为我们现在比较熟悉这种学科划分，所以通过这种对学科划分的方法，也就能比较容易理解寺院学院的学科属性。但实际上，不同的文明对学科的划分方法和名称是有自己的特点的，或许完全不同、或许有很强的自身特点。
所以，既然拉卜楞寺的时轮学院是大约属于自然学科的学院，那么这个学院学习的主要内容应该就是有关自然科学的东西了。自然科学的研究对象都是什么呢？根据我们现在的知识，我们知道自然科学是研究大自然中有机或无机的事物和现象的科学，包括天文学、物理学、化学、地球科学、生物学等，总之，它的认识对象是整个自然界。
这个解释里似乎隐含着这样一种意思，人们对于整个自然界认识不同，就会形成不同的自然科学的内容，或者说是自然科学的特点了。也就是说，由于不同文化对于自然界的认识不同，会形成不同文化的自然科学的内涵和属性了。
拉卜楞寺时轮学院属于藏传佛教密宗。时轮学院除学习修观有关的时轮密乘外，主要学习时轮天文历算。时、轮、天文、历算这些词让就能让我们想到时间、时间的时间（重复）、天文、数学、历法及其它们之间的关系。那么时轮学院至少应该修习的内容包括这些吧。
时轮学院的历算中肯定包括数学，那么数学属不属于自然科学呢？这是一个有不同观点的问题，有人认为它属于自然学科，而有人又认为它独立于自然科学，因为数学研究的对象不是自然界。所以，只从这个角度去看，不同文明中的学科分类方法的确是源于对认识对象的不同思维方式的结果。比如一个文明中它的学科之间分不分、怎么分以及它们之间的联系和区别的确都是源于自身的文化的结果。
大概了解了拉卜楞寺时轮学院的学习内容后，我们再来从它的学习科目中来了解一下它的学习内容。时轮学院分三个学级，要想修完全部学级，大约需要至少要15年的时间或更长。
初级学习《妙吉禅名号经》《无上供养经》《满足心愿经》《普济经简释》。
中级学习和背诵《时轮金刚本续经》《证菩提经》《时轮摄略》《韵律占星》、学会彩色细砂制时轮金刚坛城、证菩提佛坛城。要想升入高级班，必须背会《时轮金刚生起与圆满次第经》。
高级主要学习声明、诗词、天文历算、梵文和藏文的正草书法，并研究时轮金刚和怖畏九首金刚的生起与圆满之道，独立研究和观测天象，通晓三种日的概念，推算五星明及日食月食的时辰，推算年度气象节气并予即使预报，公布于众等。
拉卜楞寺时轮学院除了培养天文历法方面的高层人才外，还要编制每年甚至今后的历书。历书要综述全年的日蚀月蚀、置闰情况，并依据九曜的运行情况推算节气变化、占卜吉凶等活动时所用的年轮图表，还包括天气预报、地震预测等，服务于农牧民的生产和生活。
拉卜楞寺时轮学院于年由第二世嘉木样大师遵从六世班禅华丹益希大师的法旨，仿照西藏扎什伦布寺时轮学院的规模和建筑形式创建。
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